WIDI... Widi te organiza el modo de visualizacion espectral en un pianoroll donde te saca la linea automaticamente y puedes corregirla. es exactamente lo que buscas.
Yo llevo un par de años bastante interesado en transformar audio a midi en tiempo real, y la verdad es que el panorama es desolador... estamos tan avanzados tecnológicamente en otras areas que resulta difícil de creer que en 2008 todavía no pueda controlar un sinte en condiciones con mi voz...
Total, que he probado casi todo lo que existe por ahí y casi nada vale la pena (muchos errores de transcripcion, notas fantasma, olvídate de hacer slides o cosas así, etc). Los mejores resultados los he conseguido con plugins que se olvidan del midi y transforman directamente la entrada de audio en señales de control internas para un sinte o instrumento determinado: los sintes controlados por audio de FrettedSynth (en particular GCBS4 y la parte de sinte de Freeamp2: gratuitos) y de Clone Ensemble (Alien Solo: muy barato) son de largo los que tienen un mejor seguimiento del tono y amplitud de la señal de entrada, e incluso permiten hacer slides y algunas virguerías... claro que estás limitado a los sonidos que produzca el sinte.
Respecto a lo que sería audio-a-midi propiamente dicho, WIDI VST es lo mejor que hay de largo, con una sola pega: solo transcribe el tono de las notas entrantes (eso sí, hasta en modo polifónico si hace falta), no la amplitud. Lo de que es un poco caro espero que lo digas de conya, teniendo en cuenta que vale 50 euros y no tiene rival en lo que hace...
Ah, y lo que no me ha dado tiempo de probar todavía pero que promete mucho es el nuevo Junction de FrettedSynth (gratuito): muy simple, monofónico y parece que con algo de latencia, pero si me guío por sus plugins anteriores debe de transcribir la señal de entrada de forma muy fiel.