La ventana de abajo es para crear carpetas en las que metas bancos que te gusten, pero no Refills enteros.
Para guardar la ruta de los Refills, utiliza la ventana que está arriba, la de Locations. Arrastra la carpeta que los contiene (o cualquier carpeta que consideres importante) y la ruta se guardará.
En la ventana de Favorites podrás guardar en la misma carpeta virtual los bancos de los distintos módulos de Reason que te interesen, organizados como más te guste. En mi caso tengo unas cuantas carpetas organizadas por Bass, Leads, Synths, BD, ... y en cada una de ellas, bancos para cualquiera de los módulos de Reason y que no tengo ni idea de donde están localizados físicamente, ni si pertenecen a uno u otro Refill. Símplemente los tengo a mano ahí.
Otro uso que le suelo dar a esa carpeta, es para el caso de buscar sonidos en librerías de Refills, los que más me van gustando o ajustándose a lo que busco los voy metiendo en una carpeta temporal, y luego oigo los seleccionados uno a uno cómodamente.