No conozco Logic, pero algunos programas al importar Midi te preguntan si quieres abrirlo en el proyecto que tienes abierto o abrir uno nuevo. En el primer caso podría pasar que se importaran en un proyecto que tuviese configurados los volúmenes por pista.
También deberías comprobar en configuraciones generales de tu Logic que no haya establecidos unos volúmenes por defecto de las pistas midi, en cuyo caso deberías desactivar esta opción.
De todas formas, aparte de en las propias pistas, algunos archivos midi tienen los controladores en una pista aparte, o sea que te recomendaría SELECCIONAR TODO y luego ver en el editor midi que no haya controladores puestos en los canales que te interesen