No entiendo muy bien el problema. Que yo recuerde, el Atari 1040 no tiene disco duro. ¿Posees un disco duro externo de Atari o quieres usar otro?
Lo digo porque la avería usual de esos Atari era la disquetera, y eso tiene una solución relativamente sencilla: instalas una disquetera convencional e inviertes la entrada del multiplexor. Para ello tendrás que limar la lengueta que impide encajar el cable al revés.
Yo lo he hecho un par de veces de manera satisfactoria, aunque no descarto que sea cuestión de suerte.