Hola. Se me ocurren un par de formas de resolver tu problema.
La más fácil que se me ocurre es utilizar patterns independientes, cuando duplicas los patterns debes configurar a maschine para que duplique el pattern como uno nuevo en lugar de hacer referencia un solo pattern (como en tu caso al pattern 1),con esto puedes modificar y automatizar libremente cada pattern sin que esto afecte a los demás.
En la terminología de maschine a lo que llamas automatizar en realidad se le llama modular, y este asunto de terminología me lleva a una segunda y tercera opción para automatizar un proyecto de Maschine, échale un vistazo a este vídeo y entenderás lo que te digo (lo importante empieza en el minuto 5:40)
http://youtu.be/LXJ7pIQPDy0
En resumidas cuentas, las siguientes dos opciones que se ocurren para automatiza un proyecto de maschine es utilizar un DAW como Ableton live o Logic y correr machine como plugin:
De este modo Puedes asignar los controles de maschine que quieres automatizar a las Macros de maschine, para así poder automatizar los parámetros desde el DAW en una línea de tiempo como lo hace en el vídeo anterior, y que los patterns que son comunes no se modifiquen al vez.
O como tercera forma de automatizar se me ocurre correr maschine como plugin y asignar sus salidas virtuales a canales de grabación del DAW y literalmente grabar tu interpretación y/o la modificación de los parámetros en vivo, sin la necesidad de asignar los controles al DAW.
Espero que te ayude esta información