Hay que partir de una base en donde los instrumentos que grabes suenen limpios esto lo conseguis a partir de tener cables de buena calidad y bueno la calidad del instrumento tambien.
El tema de ecualizar y sacarles frecuencias innesesarias se hace en la parte de la mezcla.
Despues cuando ya te encontras en la masterizacion es mas dificil de borrar ruidos.
podes llegar a bajar demasiado las frecuencias y opacar mucho al tema en general
No todo lo bueno tiene porque ser WAVES... yo usaría los plugins de Ultrafunk Sonitus que vienen con Cakewalk. Como bien has dicho, está la ecualización correctiva, aunque no está de más que después uses otro ecualizador para maquillar el resultado.
Un simulador de válvulas, una reverb, un compresor multibanda o monobanda y un maximizador también pueden ayudarte.
Ah!, y deberías vigilar la correlación de fase, incluso abrir la imagen estéreo si ésta no acaba de dar la espacialidad que buscas.
Mmm... y el dither! si lo tienes que pasar a Mp3 o CD, será bastante útil.
"masterizar" al final... los problemas de eq que tienes debes arreglarlos en la mezcla. en mi caso (que soy un amateur-novato total) teniendo la mezcla a mano para corregir ahi directamente la "masterizacion" se limita a darle chicha con un limitador (l2 o l3 generalmente), si algo no me gusta, apago el limitador y vuelvo a la mezcla.