Seguramente esto que te voy a contar no te va a solucionar nada, pero a mi me ocurrió una vez algo similar y estuve media hora comiéndome la cabeza y pensando incluso en pasarme a Pro Tools...(lo ultimo es broma)
Sucedió que durante un tiempo estaba haciendo unos arreglos en unos temas dance para una persona, intentando componer algunas secuencias, y mientras estaba en esa fase de creación, decidí que para no tener que andar abriendo un sampler o importando un bombo y copiando hasta crear una serie de compases que me sirvieran de punto de partida, sería mejor poner en el metrónomo de Samplitude una muestra de bombo en lugar del típico sonido de claqueta, (esto ya lo tengo hecho en el pasado más de una vez), de esa manera simplemente activaba la claqueta y tenia un "pum, pum, pum" al instante, para poder así centrarme únicamente en la composición de melodías y armonías y olvidarme del resto...pues bien, un buen día me tocó crear una pista de bombo real en uno de esos temas y antes de finalizar la sesión y cerrar el programa, dejé supongo la claqueta activada por error (la tengo asignada mediante un shorcut a la tecla C)...al día siguiente pongo el secuenciador en marcha y el bombo me suena de repente más alto de lo que debía, me descompensaba lo poco que llevaba hecho, mutaba todas las pistas pero el bombo seguía allí, dando por ahí...ponía una pista en Solo, fuese la que fuese...y el bombo siempre estaba presente, ponía la pista del bombo en Solo y bajaba totalmente el volumen...¡¡y el maldito bombo seguía sonando!!
Todos los ruteos en el programa y en el mezclador de mi tarjeta estaban aparentemente bien, pero nada, ya no sabia lo que hacer, y cuando estaba a punto de mandar el ordenador a la estación espacial de una patada, vi el botón del Click iluminado en el Transport, con su claro color amarillo, como burlándose de mi...ahí estaba el sonido fantasma, tenia sonando al mismo tiempo por un lado el bombo del proyecto y por otro el que había asignado días atrás a la claqueta, el cual es totalmente independiente de Solos, Mutes y demás...
Son tonterías que a todos nos pasan en algún momento, nadie esta libre de ese tipo de cagadas, por eso nunca esta de más contar estas cosas, puede que no sea tu caso, pero si el de otra persona, al menos si a alguien le ha ocurrido alguna vez algo similar, me sentiré un poco menos gilipollas.
Al margen de esto, mírate bien todos los ruteos, auxiliares...o prueba a copiar todo el audio a un nuevo proyecto, luego haces un snapshot del mixer para poder copiar la configuración del proyecto problemático al nuevo...y a rezar.
Un saludo y suerte.