Despliega el menú view y al final de la lista, verás la función Select Display Colors. Desde aquí puedes cambiar los colores con los que el Finales muestra los distintos elementos de la partitura. No he visto la forma de cambiar el color del fondo cuando seleccionas algo, pero al menos podrás cambiar el color de las notas.
En esta misma ventana y debajo de Display Colors, verás la función Palettes and Backgrounds. Aquí puedes cambiar los colores y estilos de la interface general del Finale. Tal vez con alguno de ellos también cambie el color de las selecciones.
Saludos