Masterizar se masteriza como en cualquier otro programa, los plugins pueden ser los mismos uses Samplitude o uses Cubase.
¿Que quieres decir que no te queda muy limpio? Piensa que si no has hecho una buena producción y mezcla, la masterización tampoco será buena por muy buenos plugins que uses...
En la mezcla final antes del mastering, ya tiene que sonarte bien, todo bien ecualizado y en su sitio.
No te aconsejo los compresor nativos de Samplitude para mastering, pueden ir bien en algunas pistas dentro de una mezcla, pero hacer pasar todo un tema completo a través de ellos es un crimen...
Si tu versión fuese la 10 Pro, tendrías de serie el Am-Munition, un compresor/limitador terriblemente bueno para eso y que te resolvería por completo la papeleta, pero si no es así, tendrás que tirar de compresores VST de terceras compañías, los hay muy buenos tanto de pago como free, puede que algún compañero se anime a recomendarte alguno, de momento podrías buscar en el buscador de Hispasonic por "Plugin compresor masterización", veras como encuentras muchos hilos que te van a servir de gran ayuda como punto de partida.
Un saludo.