haces unos cues rápidos en plan tres toques al primer Beat de la 1ª canción que metas en el mix y después lo sincronizas en el programa de edición de vídeo: te tendrás que fijar luego cuando sincronices que tendrá que coincidir el pico de la onda de sonido (que entiendo que grabarás internamente en Rekordbox) con el momento en el que le das al botón del hotcue.
Yo es la forma que empleo para sincronizar audio y video. Espero que te sirva.
#1 En Rekordbox puedes cargar vídeos con audio (si pagas la expansión de vídeo, claro), el truco está en poner una claqueta de audio en los vídeos, dejar que rekordbox los analice para que le ponga un grid a la claqueta, de forma que así el vídeo se sincroniza automáticamente con cualquier otra canción. La claqueta se la debes meter al vídeo de forma que coincida con algún hecho repetitivo en el vídeo, la mayoría de vídeos para visuales en directo suelen tener una cadencia rítmica, con lo que no suele ser muy complicado.