A efectos de la señal es lo mismo utilizar el cable en Y de la imagen de arriba dejando uno de los jacks sin conectar que usar el cable TRS-TRS de la imagen de abajo que yo decía.
Utilizar el cable de arriba tiene la ventaja de que puedes cambiar la escucha de un canal a otro cambiando de jack mono de entrada en la Scarlett en caso de que se escuche mejor por un canal que por el otro, pero como el op comenta que en su caso se escucha prácticamente lo mismo por un canal que por el otro, yo utilizaría el cable de la imagen inferior y así no queda un jack suelto sin conectar que si toca en alguna superficie metálica puede generar ruido. Queda mejor un cable con un solo jack a cada extremo y a efectos de funcionamiento es lo mismo.