Cuando yo uso Reason a través de ReWire con Cubase, este último se "adueña" de los puertos midi, de tal modo que Reason lo que si puede es recibir midi de Cubase a través de ReWire.
Yo lo que hago es crear un pista midi cuya salida vaya al modulo de Reason que me interese y cuya entrada sea el hardware con el que lo quiera controlar. De ese modo Cubase actua como intermediario y lo mejor es que los datos de control que lleguen a Reason desde tu controlador pueden ser grabados en el secuenciador de Cubase (bueno, FL en tu caso...)