Hola!
Usé alguna vez un programa llamado MediaCoder, creo que, configurándolo bien, te puede servir.
Otra opcion es (si no lo has probado ya) con el VirtualDubMod, aunque lo de por lotes nose, tal vez haciento tú mismo o algun conocido tuyo que sea programador, algun programa (con C++, java, etc) que invoque al VirtualDubMod como si éste fuera una función (como lo hace el GordianKnot) por cada archivo hasta acabar el lote.
Espero haberte ayudado.
Saludos!
Como dijo Jack el destripador vamos por partes.
Voy a probar el mediacoder, mañana cuento...
Para editar estos archivos en un editor de video, no es necesario pasarlos a 25fps. puedes editarlos asi y a la hora de realizar el video final es cuando se pasarán a 25fps segun el formato que elijas de compresión final.
Pero si quieres convertirlos antes de editarlos, un software que te permite hacerlo por lotes y es uno de los mejores conversores de video del mercado, a infinidad de formatos y calidades es TMPGEnc Xpress 4.7
El Media coder me produce saltitos en la imagen, tal vez sea un patoso que no sepa configurar las opciones, pero no doy con ello.
Seguimos probando.