Los plugins son independientes, lo que hace el programa es escanear la carpeta de plugins y ya. Pues si desinstalas Cubase no se borran las carpetas, asi que quedan todos los plugins donde mismo. Luego al instalar Nuendo, crea su propia carpeta para plugins, pero esto no es problema, por que luego en las opciones puedes agregar todas las carpetas de plugins que tengas en tu sistema. Asi que no hay inconveniente.
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Creo que solo se desinstalaran los plugin de Cubase y se instalaran los de Nuendo que son casi los mismos. Los demas plugin quedaran instalados.