Si es tan simple como tener 2 tonos y así de desplazados, pues se podría hacer duplicando la pista y filtrar la frecuencia mas alta en una y la mas alta en otra. El problema con esto, es que cada frecuencia distribuye su potencia en diferentes armónicos, por lo tanto el contenido de cada frecuencia no se centra simplemente en dicha frecuencia si no que abarca otra parte del espectro, entonces si tu filtras, el filtro puede cargarse parte del contenido armónico del tono, a su vez puede quedar contenido fuera del filtrado y quedar dentro del rango de la otra frecuencia, entonces al desplazar esa frecuencia, desplazarán componentes armónicas de la otra.
Por estos motivos, es complejo tener una herramienta que lo haga, y dependiendo de que tan complejo sea el sonido, pues va a ser mas difícil lograr hacerlo.
La única herramienta que conozco que que tiene una funcionalidad capaz de separar notas es melodyne, que separa las notas de un mismo instrumento.
Pero eso se hace un una FFT, no con un filtro de barrido.