Hola panxo, ( para no enrollarme mucho ni marearte con dbv, dbu, voltios, etc) la diferencia está en las tensiones de salida de los aparatos y sus impedancias (Z), por ejemplo los procesadores de efectos, teclados, reproductor de cds, la play estation
y muchos otros tienen una salida eléctrica denominada nivel de linea (line)
sin embargo la salida eléctrica de un micrófono es mucho más pequeña y necesitamos amplificar esa señal eléctrica para que llegue a un nivel similar al de (line) por eso todas las entradas de (Mic) llevan un previo para pre-amplificar la señal
después tenemos las entradas (instrument) de alta impedancia, que están diseñadas para conectar instrumentos como una guitarra eléctrica o un bajo eléctrico. estas entradas son relativamente nuevas.
estos instrumentos (guitarra, bajo eléctrico) funcionan mediante pastillas magnéticas y dan a la salida una señal muy baja en corriente elétrica y mucha impedáncia Z (resistencia a esa corriente eléctrica) por eso no se pueden conectar directamente a una entrada de micro y menos aun a una entrada de linea. de ahí que inventasen la entrada de (instrumento) algunas tarjetas de sonido tienen la entrada de linea y la de instrumet en un único conector (por cuestiones de abaratar costes ) la propia tarjeta detecta si le as metido una señal de linea o una de instrumento
si tu equipo no tiene una entrada de instrumet puedes comprarte una caja de inyección y esta te transformará la señal de Istrument en una señal de micro y podrás conectar tu guitarra a una entrada de micro.
en fin, espero haberte sido de ayuda
Un Saludo..