No uso FLStudio, aunque me resulta bastante raro que el do central sea C5 (más que nada porque lo cuentes como lo cuentes, nunca caería el 5º, pero bueno).¿Estás seguro de que es C5?
En cualquier caso, a la hora de hacer una partitura no afecta en absoluto, ya que el do central es siempre el do central, aunque parezca una obviedad. Es decir, la altura del do central es siempre la misma, la diferencia es simplemente de nomenclatura del piano roll. Históricamente ha habido dos nomenclaturas, la francesa y la americana. La americana, que es la más usada hoy día, toma la primera tecla del piano (LA) como A0, y por lo tanto el primer do era el C1 y el do central es el C4.
El sistema francés cuenta el primer do del piano (la primera nota de la primera octava completa) como C0, y por tanto el do central sería C3. Cubase utiliza nomenclatura europea y el do central es C3.
Hoy por hoy creo que está más extendido el sistema americano estándar, y por eso se suele llamar C4 al do central. De hecho yo lo suelo llamar C4 aunque en mi piano roll sea C3.
Pero vamos, a la hora de hacer una partitura da igual el número, lo que cuenta es la altura de la nota. Y ahí no hay duda, el do central es este:
Y si algún músico al hablar con él tiene dudas, es tan sencillo como decir "toca el do central"