En principio si pones un loop (lo de los localizadores) y ese loop está de color azul, a la hora de grabar, se grabaria ese loop, siendo cada vuelta de loop una toma distinta.
Selecciona el cacho que quieras varias tomas en forma de loop y graba, luego con el raton sin seleccionar ninguna herramienta, arrastra esas pistas, ya que estarian superpuestas.
En cuanto a lo de guardar, es tan sencillo como archivo, guardar como..y listo.