No sé si mi experiencia te sirva. Pero yo intenté alguna vez pasar a Sibelius un PDF con música usando PhotoScore. Fue así como empecé a usar Sibelius y después de un tiempo de experimentar me di cuenta que me demoraba menos y lograba un mejor resultado si transcribía todo en lugar de escanearlo.
Las veces que el escaneo era relativamente bueno, lo abría en Sibelius y creaba un documento nuevo para ir "reciclando" lo útil, así no me daba el trabajo de limpiar todo lo que era escaneado y dólo filtraba lo que necesitaba. (Me imagino que AreaPiano tiene un montón de Plugins que hacen todo el trabajo jaja, pero para mí [en ese momento] estuvo bien así!)
Espero te sirva de algo.
Saludos y suerte con esa transcripción