Es muy probable que hayas conectado al revés. Me refiero a que estés entrando al efecto por la salida y saliendo por la entrada. Cuando los pedales están desactivados, la mayoría deja pasar la señal como si fuera un cable, y el sentido de la señal no interesa en un cable, pero cuando lo activas ahora la señal pasa por el circuito y ahi si importa cual es la entrada y cual es la salida. La mayoría de las aplicaciones se realiza en base a amplificadores operacionales, los cuales no son reversibles, la señal circula solamente en un sentido.
Yo creo que eso es lo mas probable, aunque no es necesariamente la única causa, podrían haber otras.
Muchas gracias.... lo mas probable es que ese es el problema ...agradecido!!