Debes dejarla activada para todos los plugins menos para los que generan cola, como delays o reverb. Osea, la activas en el menú de opciones pero vas y la desactivas en las opciones de aquellos plugins que están teniendo problemas.
Y en las opciones de exportación deja el valor de resampling en 512, no hay razón para que lo hayas bajado a 128.
Y si estás exportando wav de 16 bits debes activar la opción dithering. Exporta a 16 bits solo si ya es la mezcla finalizada y definitiva. Si aún vas a trabajar sobre esa mezcla, mejor exporta a 32 bits float.