Para grabar varias tomas de una guitarra (o lo que sea) al mismo tiempo, se puede emplear cualquier método que nos dé el resultado que queramos.
En mi caso, que ya no sé vivir sin el Cubase y no puedo prescindir de tener el control del ruteo de todas las señales por la tarjeta (manías, supongo) si quiero grabar varias tomas suelo llevar la salida de la guitarra al previo de micro y de ahí a una entrada de la tarjeta. Una vez que tengo la guitarra sonando en el Cubase en una pista mono tienes todas las opciones abiertas para mandarla a tantos cacharros como salidas tengas en la tarjeta. Puedes usar una de esas salidas para pasar la señal de la guitarra por el ampli real (poniendo una D.I. en medio por el tema de las impedancias o no, ya que nunca he tenido problemas con eso), puedes mandar la señal sólo a un par de pedales y volverla a meter en el cubase, o hacer un recorrido completo saliendo y entrando en cada paso (esto ya es un poco masoca).
Lo único que has de tener en cuenta será la latencia con la que estés haciendo el chanchullo para corregirla "a mano" (editando el comienzo de los clips de audio en la pista correspondiente haciendo que coincidan exactamente los inicios de las señales en el tiempo) si llegase el caso de que se acumula demasiado retraso (creo que nunca lo he llegado a necesitar realmente, pero puede ser interesante si a la hora de mezclar señal directa y real del ampli se producen efectos raros de fase por usar plugins o lo que sea).
Para microfonear amplis... Hay algunas técnicas, pero lo básico es entender muy bien cómo funciona un sólo micro con un cono de ampli de guitarra (distancia, posicionamiento, ángulo en el patrón polar, etc...) y aplicar lo que ya sabemos a la hora de mezclar las dos señales tanto para buscar modelar el sonido como para evitar problemas (la mayoría de veces serán problemas de fase, para variar).
Los hilos que recuerdo a bote pronto:
https://www.hispasonic.com/foros/algun-secreto-para-obtener-unas-guitarras-demoledoras/274928
https://www.hispasonic.com/foros/ayuda-sonido-guitarras-arreglos/261652#post2046102
https://www.hispasonic.com/foros/dos-opciones-para-grabar-guitarras-rock/258612#post2019499
https://www.hispasonic.com/foros/amplis-para-grabar/192982/pagina2#post2011120
A parte, en la sección de la revista ya comentaban algo...
https://www.hispasonic.com/tutoriales/como-grabar-guitarras-electricas/47
Inlcuso en Thomann tienen una sección de tutoriales (en inglés), uno de ellos habla de la grabación de guitarras:
https://www.thomann.de/es/onlineexpert_110_1.html
Recuerda que si ves que tienes muchos problemas de fase al colocar los micros separados y en posiciones poco usuales, puedes probar a editar los inicios de los clips en las pistas o bien intentar sacar un sonido parecido poniendo los micros rollo "par coincidente" (que coincidan las cápsulas en el espacio) ya que es una forma de grabar que no genera ese problema.
Lo principal, me repito, es entender bien cómo funciona un micro y un ampli. Para aprender, no hay nada como ir moviendo el micro probando de todo mientras escuchamos con los auriculares el resultado. También se pueden sacar ideas interesantes de plugins como Revalver III, donde puedes emular el sonido según micro y colocación y te puede servir para hacer pruebas orientativas sin cables de por medio.
Bueno, espero que sea de ayuda!