Hola, por los datos que das, te recomendaría que primero revisaras en el mezclador de audio de tu tarjeta de sonido (suele ser el que está al lado del reloj, abajo a la derecha) desde que fuente estas grabando, a lo mejor graba todo por que tienes activada la SALIDA MEZCLADA, prueba activando la casilla en donde tienes conectado el teclado (LINEA, MIC; etc)
Espero haber ayudado en algo
Exactamente es lo que dice Nictalope, posiblemente tendrás el mezclador de tu tarjeta configurado para grabar lo que salga por el mezclador. Pica sobre el icono del altavoz y al abrirse el mezclador busca la sección de grabación, en el típico mezclador estará en Opciones > Propiedades > Grabación pero eso dependerá de tu tarjeta de sonido.
Ahí debes tener marcado únicamente la entrada en la que conectes lo que vas a grabar, seguramente Line In, si tienes otras opciones marcadas, grabarás todo lo que pase por ahí.
Elemplo con el mezclador típico de una tarjeta de sonido típica:
Hola! Yo tengo el mismo problema, pero yo ya tengo desactivado el mezclador de audio. Qué otra cosa puede ser?