Pues a ver, explicado así deprisa y corriendo en pocas palabras, 44Khz o 48Khz es la frecuencia de muestreo, es decir, es el número de veces que se toman muestras de un sonido. Se mide en Khz, 1 hertzio es un ciclo por segundo, por lo que 44khz son 44.000 ciclos por segundo. Esto quiere decir que la grabación toma 44.000 muestras del sonido por segundo. A mayor velocidad de muestreo, mejor calidad. Esto así en general.
Los bits son los paquetes de información (números) en que se convierte la señal analógica (sonido) en digital (números), por lo que a mayor cantidad de bits, mejor resolución tiene el sonido grabado cuando se ha convertido en digital. Si grabas a 24bits, la fidelidad a la señal original será mejor que a 16bits.
La calidad CD son 44,1 Khz a 16bits, por lo que si utilizas mayor frecuencia de muestreo y mayor codificación, tendrás una grabación más perfecta y con más resolución que la que tiene un CD. Después, cuando tengas que pasar el audio digital a un CD le podrás reducir la resolución para que un CD lo pueda reproducir, y tendrás mejores resultados ya que tu señal original es de mejor calidad.
Por lo tanto, aunque ocupa más espacio de disco duro, por ejemplo, siempre que puedas es mejor grabar a 24bits y 44,1 o 96 khz.De hecho la mayor parte de la gente graba a 44,1 khz y 24bits.
De todas formas, investiga en wikipedia!