Y efectivamente, el truco funciona.
Para quien este buscando este tipo de solución,
en la imagen se muestra un breve esquema de la placa del teclado, dado que dispone de una salida directa del microcontrolador, puedo 'robar' la señal de aquí, de forma que en enlace entre el teclado y el Zynthian se realiza a nivel TTL y no hace falta circuitería adicional.
Por supuesto, un pequeño buffer entre ambos sería ideal (para asegurar que la salida MIDI funciona sin problemas), pero no es 100% necesario.
Por otro lado, y aquí radicaba mi pregunta,
el estándar MIDI se basa en un lazo de corriente, es decir, es necesario consumir una corriente para que funcione (he aquí por qué es necesario el MIDI THRU).
En este caso, dado que la Raspberry no consume corriente, el circuito no funcionaría correctamente (no podemos asegurar que el transistor conduzca sin consumir corriente).
Para realizar esta conexión sería necesario consumir una corriente (mediante un optoacoplador según estándar MIDI) y al tiempo asegurar que el sistema puede proporcionar una corriente adicional a la salida MIDI.
En fin, una complicación que por suerte he podido evitar.
Gracias por la ayuda, espero que os sirva este pequeño arreglo.