Si al seleccionar un objeto se seleccionan también otros ademas de el que has hecho clic, es por que esos objetos están agrupados y por eso se mueven juntos.
Para poderlos mover independientes tienes que desagruparlos en el menú Objetos/Grupos/Desagrupar o Ctr+u
Hola Manu,
Lo que describes está relacionado con el "modo de objeto" (object mode, en el menú de edición).
En tu caso seguramente lo tienes asignado a "link until silence", cuando debería estar en "normal" para que se comporte como pretendes.
A pesar de que tener los objetos agrupados, como dice Fran, causaría un comportamiento similar, no es lo mismo. Simplemente tienes que cambiar el modo en que samplitude opera con los objetos, el "object mode". Por defecto existe un acceso rápido al modo de objeto en el Toolbar de la ventana principal, al lado del "mouse mode".