Yo los utilizo para delimitar porciones que en un momento dado me pueda interesar rellamar. Por ejemplo, cuando hago trabajos de doblaje, cada toma o "take" conlleva una porción de tiempo determinada. Con los marcadores de ciclo puedo ir a ese punto haciendo doble click sobre ellos, y los puntos de entrada y salida me van ahí automáticamente.
También son muy útiles cuando en el mismo proyecto tienes múltiples versiones de la misma canción, por ejemplo en música para un spot de diferentes duraciones. En cada parte defines un marcador de ciclo, y luego a la hora de exportar los vas seleccionando uno a uno, y tienes la seguridad de que siempre van a durar lo mismo si luego tienes que hacer cambios en una versión concreta.