Hola Juanma, lo único que se me ocurre es que no esté seleccionado las entradas midi en reaper, para ello debes ir a preferencias/midi devices y seleccionar las entradas y salidas que necesites de la tarjeta (en este caso las entradas de la tarjeta que uses es lo que importa), no estoy delante de reaper ahora mismo pero creo que es un menú (botón derecho) sobre cada entrada que quieras y decirle que “enable”, depende de la versión de reaper pero sea como sea es así.
En la pista correspondiente también debes elegir en la entrada input:midi la opción all channels pero creo que eso ya lo has hecho según comentas. Asegúrate también que para monitorizar esté seleccionado el botón rojo “record” a la izquierda de la pista y el altavocito en verde a la derecha.
Espero que te sirva de ayuda, si no pregunta lo que sea por aquí.
Saludos.