Hola:
Parecer que estas utilizando tu instrumento externo (motifx6?). Parece que no tienes claro algunos conceptos fundamentales.
Cubase permite grabar audio y midi. El audio parece que lo vas entendiendo, el midi poco a poco. Está claro que el midi no es audio, son "mensajes" que se graban (no on, note off, altura de la nota, volumen, pan, CC, etc) que como ves se pueden modificar fácilmente y corregir.
Estos datos los puedes originar desde un teclado controlador (sinte, piano, pad de percusión, etc...) o bien crearlos a mano. Para que estos datos midi "suenen" los tendrás que conectar a un instrumento(como lo tienes tu), bien físico o bien virtual (VSTI). Los instrumentos virtuales son plugins que se instalan un os con el programa (Cubase, logic, pro tools, etc...) y otros los podrás comprar aparte (librerias de orquestas, sintes, organos, baterías ,percusiones, etc...). Para acceder a ellos con la tecla f11, te saldrá una ventana en la que podrás cargar estos plugins y utilizarlos en tu proyecto y asignarlos a diferentes pistas midi y con diferentes sonidos. Tambien tienes que tener en cuenta que hay sintes y plugins que sólo te van a permitir un sonido por instancia y hay otros que por cada instancia te van a permitir cargar hasta 16 sonidos diferentes o iguales en cada sinte o vst (porque el estandar midi sólo tiene 16 canales diferentes para transmitir los datos), estos son los que se denominan multitímbricos (ya vamos llegando). Si tú no tienes configurado tu sinte (motx6) de forma multitimbrica, es decir asignados diferentes sonidos a cada canal midi, lo que iras haciendo es lo que te pasa, que cada vez que cambias de sonido y no cambias el canal midi , todas las pistas midi que esten asignadas al canal 1, por ejemplo, te van a sonar con ese sonido que hayas cambiado.
Para hacer lo que quieres, tendrás que tener un sinte multitímbrico y cargar los diferentes sonidos en diferentes canales midi para que se puedan reproducir a la vez y con los diferentes sonidos que hayas programado.
Tambien es raro que al instalar cubase no se te hayan instalado los intrumentos virtuales que trae de serie (Halion One, groove agent, spector, etc...) y poderlos usar en combinación con lo que tienes.
Todas estas cosas son elementales para la producción, a si que ponte las pilas y lee un poco mas (ya sea el manual, libros sobre midi ...).
Saludos (bueno todo esto que cuento es muy por encima, que luego hay un monton de cosas más, pero lo dicho, para eso a la escuela o a leer) y si luego tienes dudas pues te hechamos una mano.
gracias por tu aclaracion..estudiare mas el tema midi y el apartado instrumentos vts .. q supongo sera lo mismo
un ABRAZO