No sé mucho, pero sé que en Pro Tools tienen el "Beat Detective" y en Cubase hay herramientas para cuantizar el audio de una pista en la vista del "editor de audio" (cuando le das doble click a una parte de audio en el proyecto). Para Cubase ya se ha discutido en algún foro, por ejemplo este:
https://www.hispasonic.com/foros/cuantizar-audio-cubase/161167
Según lo que uses para grabar/editar, tendrás unas opciones u otras.
Yo sólo lo he usado para saber que existe. Creo que la mejor opción es usar la menor latencia posible y tocar lo mejor que podamos. Si aún así tenemos que afrontar un problema de latencia, lo mejor sería desplazar la pista entera (añadiendo un delay negativo) para hacerla cuadrar con el tempo original. Con latencias realmente pequeñas (5ms o 10ms) no vale la pena retocar nada.
Como bien dices, puede convertirse en un trabajo de chinos si lo queremos hacer manualmente, aunque suele ser como mejores resultados podemos obtener (tenemos control total de cómo movemos el audio).
Mi consejo (si es que me puedo permitir dar consejos) sería el de grabar la interpretación lo mejor posible antes de asumir una forma de trabajar que consista en retocarlo todo después. Te hará mejor guitarrista y te facilitará el trabajo a la larga. Todos la cagamos de vez en cuando (menos Gary Moore, del que dicen que hace años que no le han escuchado una nota mal dada). El resto de los mejores guitarristas que conozco la cagan de vez en cuando. Pero bueno, tenemos un estudio, no? (aunque sea home-studio!). Podemos volver a grabar esas partes tranquilamente.
Así que yo me tomaría esas herramientas de corrección de audio como eso: una herramienta para usarla con errores puntuales, pero no como sistema.