Eso parece ser por una desincronía del reloj. Aunque con la descripción que das...
Es extraño en un plugin pero no lo es tanto si estás utilizando dithering y convirtiendo a otra tasa de bits.
Va a depender de tu tarjeta.
Intenta en la configuración ASIO (o la que sea que utilices) que tanto el programa como la tarjeta utilicen la misma fuente de reloj. E incluso el plugin si tiene esa opción.
Otra cosa no se me ocurre.
Los clicks de desincronía de reloj son aleatorios y no tienen que ver con los picos de señal. Se producirán incluso en las partes de silencio. Y me atrevo a decir que si tienes entrenado el oido incluso debes notar el desfase en la sincronía (de verdad que el jitter se oye, al menos cuando es exagerado, y es como una fase). O al menos seguro que vas a diferenciar el sonido ajustado a un reloj o en desincronía.
Yo no uso ordenador para grabar, ni nada de eso, así que no puedo decirte mucho más.
Todo de Creative,suele dar muchos problemas.....