Si la guitarra está saliendo por los altavoces es que la tarjeta de sonido está bien configurada y está siendo detectada correctamente en el sistema.
Por lo que comentas, yo diría que el problema reside en que o bien el guitarrix tenga los efectos desactivados (muy evidente y poco probable) o que tienes mal configuradas las conexiones en el propio qjacktl.
Revisa que la tarjeta de sonido, en la conf de conexiones qjackctl, no esté conectada directamente a la salida (system), sino que el enrutamiento correcto de conexiones en qjacktl sea:
(output) system capture ----------> (input) Guitarrix
(output) Guitarrix -------------------> (input) System playback
y la conexion directa de tarjeta de entrada de guitarra a altavoces desactivada.
(output) system capture (input) System playback
De este modo te aseguras que el audio pasa por el guitarrix y sus efectos y no salga directo.
Sldss.
Muchas gracias,
ya funciona!