Cubase tiene un timestrech muy potente, el problema que tienes es por el tipo de calidad que usas con el logaritmo. Si te fijas en la pantalla de correción de tempo tienes una pestaña arriba donde pone LOGARITMO; ahí aparece MPEX4 y Realtime. Dentro de cada uno puedes seleccionar la calidad: Mix fast, solo fast, poly musical...cuando sampleas una muestra que aporta percusión y melodía no puedes utilizar solo fast por ejemplo, has de utilizar poly musical.
De todos modos al realizar un timestrech es normal que algo no quede perfectamente.