¿No les estarás dando demasiada señal?.
Fíjate en los LEDs.
Tienes un LED que indica que el limitador está actuando.
#1 no das mucha información concreta aunque parezca lo contrario y me explico, dices que te conectas a los subs y de ahí a los medios pero no especificas si la señal sale filtrada o sale con todo el rango completo. Si no sale filtrada y aprietas las cajas es muy facil que el limitador se ponga a funcionar pero no es normal que silencie las cajas.
Por otro lado he visto muchas averías en cajas autoamplificadas (no diré marcas pero digamos que en al menos 4 marcas muy reconocibles) porque sus componentes (transistores Fets de la etapa de bajos o bajos medios) literalmente se calientan tanto que sus patillas se quedan barridas de soldadura por lo que en cuanto se calientan dejan de hacer contacto y se silencian y en cuanto se enfrían un poco vuelven a hacer contacto. Parece raro pero insisto en que lo he visto con 4 marcas diferentes y en una de ellas dos veces con dos cajas del mismo modelo pero distintas unidades.
En todos los casos se ha solucionado fácilmente simplemente volviendo a soldarlas con un estaño de alta calidad y punto de fusión alto.
Insisto en que este no tiene porque ser el problema pero revísalo.
Un saludo.