Encontré un ejemplo de de música glitch
http://en.wikipedia.org/wiki/Glitch_(music)
Bueno no sé si existe un programa específico para hacer eso. Se usa síntesis aditiva, ruido blanco, samples.
Pure Data, Csound o Supercollider, evidentemente, te permiten un control mucho mayor, así que puedes experimentar mucho más. Pero con sintetizadores y samplers más sencillos igual puedes lograr esos sonidos extraños.
Te envío un link a un patch que hice para ams:
http://www.mediafire.com/?tddu8w2deneb8d8
Ams es un sinte que encuentro muy bueno para aprender, lástima que se ha explorado bastante poco esta posibilidad. Puedes jugar con los parámetros del VCF (filtro controlado por voltaje, puedes mover el parámetro cutoff y la resonancia) o del VCO (Oscilador controlado por voltaje, puedes mover la afinación).
Estoy haciendo un tutorial de AMS, lo subiré cuando termine.
En cuanto a sintes, Linux tiene poca variedad pero mucha calidad, está el mencionado amsynth, zynaddsubfx, minicomputer, phasex, ams y la suite bristol (considerando solo los standalone, plugins tienes unos cuantos más).