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Esto de los colores desapareció hace ya unas versiones. Creo que en la 5 ya no era así, y lo que es seguro es que en la 6 y 6.5 ya no es así.
Antes Reason te asignaba el color de los bloques. Lo asignaba siguiendo un criterio desconocido y cuanto menos muy difícilente controlable por el usuario. Es decir, que era complicado obtener un bloque azul, por ejemplo. El caso es que si los bloques eran idénticos, los colores también, y si tenían variaciones, lo más normal es que los colores fueran distintos.
En la práctica, todo quedaba lleno de colorines, pero era muy sencillo saber si había variaciones en los loops o si era todo el rato lo mismo. A mi no me gustaba, pues no podía ordenar las coas por entrada-estrofa-estribillo-estrofa-solo,.... pero al final me acostumbré y no me era mayor problema.
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exactamente como dice Aki. arriesgandome a repetir diré que...
el color desde reason 1 era determinado de algún modo oculto al usuario pero que tenía que ver con la información contenida, un clip salido por copy paste de otro tendría el mismo color, pero si realizabas cualquier cambio como añadir, eliminar o alterar de cualquier forma una nota o añadir una automatización de cualquier parámetro, el clip cambiaba lo cual estaba muy bien para música basada en la repetición de patrones ya que el cambio de color te indicaba rápidamente que ahí había alguna variación.
a partir de Reason 4 es cuando se hace un [url=https://www.hispasonic.com/foros/faq-sobre-reason-todo-propellerheads-hispasonic/122267/pagina2#post1053945 rediseño del secuenciador de reason[/url] añadiendo entre otras funciones, la posibilidad de elegir los clips del secuenciador manualmente.
a día de hoy con Reason 6 cuando creas un instrumento, se crea una pista en el secuenciador y un canal en el main mixer, ambos son del mismo color, el cual aunque aparezca con un color podemos seguir cambiandolo manualmente, al darle a grabar, los clips en el secuenciador serán de forma predeterminada del color de la pista, pero también se sigue pudiendo variar posteriormente cada clip de forma manual e independiente.
A mi me resulta de ayuda asignar un color a cada instrumento o grupo de instrumentos.
Cuando tienes unos cuantos, me resulta muy util asignar el mismo color a la "pista" de ese instrumento y a la de automatizacion de parámetros.
Así cuando en el Mixer varío el volumen de un instrumento, o el Pan, o alguno de los Aux, me ayuda saber el color para localizarlo mas facilmente.