Quédate con el muestreo en el que están la mayoría de archivos de audio que usas.
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Todo archivo es convertido a la frecuencia del proyecto. Si quieres trabajar tu proyecto a 96 khz, el mismo DAW muchas veces automáticamente convierte los archivos a esa frecuencia. Debe existir dicha conversión ya que un archivo que originalmente se grabó a 44 khz, cada una de sus muestras será reproducida a una tasa de 96 mil veces por segundo en un proyecto de 96 khz en lugar de su tasa original de 44 mil muestras.
Con el cambio en la tasa de reproducción se produce una modificación en la naturaleza de la onda, básicamente al estar siendo reproducida a mayor tasa se alterará el tono, por eso la conversión es el primer paso.
No todos los algoritmos de conversión son igual de buenos. Si no te quieres complicar, tu DAW puede convertir con resultados mas que satisfactorios, pero si puedes optar por algún tipo de software o hardware especializado para convertir, que sepas que da garantías de ser superior a la media, pues podría ser recomendable hacer las conversiones manualmente.
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Muchas gracias por las respuestas, las voy a tener en cuenta. Escuche que "r8brain pro" esta muy bien visto en cuanto a calidad de conversión, supongo que podría contar con el en caso de que lo haga de esa forma (con la conversión previa)