Tendrás que automatizar. Solo tienes que pinchar con el boton derecho del raton encima de la casilla donde marca el tempo y entre las opciones que salen le das a Create automation clip. En el playlist te aparecerá la automatización del tempo. Ahora ya puedes jugar con el tempo a tu gusto. Si por ejemplo lo dejas en forma de fade-in subirá de tempo y en fade-out bajará. Saludos!
Nunca lo he hecho, pero tengo entendido que FL Studio se puede usar como plug VST
con un clip de automatización
tal y como lo dijo Lebandit
En el cubase es algo sencillo de hacer eso, si necesitas mas info solo escribeme. Y en cuanto a si se puede utilizar de plug in es si, te lo toma como un vsti, instrumento virtual.