Hola,
La soundfont tendrá su propio mapeado pitch -> instrumento, que probablemte reponda a un estándar establecido. Hydrogen es completamente flexible en ese sentido. Cada kit es diferente y cada instrumento puedes moverlo a cualquier lugar en la posición de 1 a 32. De hecho, hydrogen no se habla de pitch porque está orientado a percusión. Y cuando exporta a MIDI, el primer instrumento (el de más arriba, el número 1), es la nota C1, el segundo el segundo C1#, etcétera.
Lo de exportar desde hydrogen el MIDI, importar en Rosegarden y que te coincida el instrumento, lo puedes hacer al menos de dos maneras:
1) En hydrogen, reorganizando los instrumentos en el editor de patrones, de forma que te coincidan con los de la soundfont, teniendo en cuenta la relación posición - pitch que he comentado arriba. Por ejemplo, vas mirando en Rosegarden-qsynth: D2 es el plato de la soundfont, pues el plato de hydrogen a la posición a ver... 15, no?
2) En Rosegarden, moviendo el pitch o tono de las notas, después de importado el MIDI que exportaste desde hydrogen.
Identificar visualmente a qué instrumento deberían pertenecer las notas de cada pitch (que ahora están "mal") y luego, si haces shift + click izquierdo en una tecla del piano, se te seleccionarán todas las notas correspondiente a esa tecla o pitch. Ahora las puedes mover con las flechas arriba abajo hasta coincidir con el instrumento que quieres que suene, en otra tecla diferente del piano.
Pero lo ideal sería tener un buen drumkit en hydrogen. Lo puedes crear a partir de los sonidos que consigues en la soundfont, o de otros cualquiera. Puedes grabar cada instrumento por separado a un archivo wav por ejemplo y luego los cargas uno a uno hasta conseguir tu drumkit.
También hay drumkits extras ya "montados". Busca en google: 'drumkits for hydrogen'. También hay muy buena información práctica sobre hydrogen y otros programas de Linux audio en:
http://briansbedroom.org/
Saludos, Pablo.