Si ambas son balanceadas da lo mismo una u otra, salvo que la señal que transporte tenga mucho nivel (en cuyo caso el cable también tendría que tener una sección mayor), pero no es el caso. Si lo que quieres es conectar la salida directa de tu tarjeta a monitores autoamplificados o a una etapa no tendrías inconvenientes con conexiones TRS.
Un saludo.