Si los loops los tienes en audio, cuando los importes a pro tools éste los convierte automáticamente, no es gran cosa. Seleccionas la opción file, import audio to track, y pro tools lo convierte al formato de audio que estes utilizando en la sesión (Wave, Aiff, 24, 16 bits, 44Khz, etc).
Muchas gracias Bens, de esa forma matamos dos pájaros de un tiro.
Saludos!