Prueba, abriendo el archivo original de windows movie maker, darle a "Archivo" -> "Guardar archivo de pelicula". A ver si funciona.
saludos
Qué tarjeta de vídeo o gráfica tienes?
Creo que no va a ser problema de soft, porque el Windows Media lo bueno que tiene es q es gratis (si tienes Windows...) y por exportación, a no ser q hayas tocado algo, no creo q sea por eso. Además, lo q comentas me suena a problema de hard, a la hora de codificar el vídeo...
Cuenta más, anda.