Yo pienso que surgen de "estilos armónicos" diferentes.
El acorde napolitano es un acorde II que funciona bien como subdominante, seguido de un V7 y el I...
El sustituto tritonal es un dominante en sí mismo.
No sé si el acorde napolitano se usa sin séptima, y eso lo diferencia del sustituto tritonal...
Saludos.