Yo el micro del bombo lo coloco " a mitad de camino" entre el parche resonante y el parche batidor y apuntando a las mazas y a su misma altura, es donde mejor me suena en mi caso.
En vuestro caso probaría varias colocaciones en todos los micros para probar donde suena mejor, yo grabo con Akg D-112 bombo, Shure SM 57 caja, Shures SM 58 timbales y Behringer XM 8500 los platos (sí, son Behringer, toy esperando por el hispamicro) y todo separado mediante una tarjeta con varias entradas.
Quizá lo que te cuente ahora no sea lo mejor para grabar pero quizá te pueda servir... normalmente cuando se toca la batería (todo esto depende del baterista y de sus ideas claro está) pues no se suelen hacer unísonos de bombo y caja (sí se hacen pero normalmente no, AC DC en algún tema los hace) entonces yo probaría a grabar bombo y caja por un mismo canal.
Los timbales quizá sea más dificil porque tienen (normalmente) más sustein que una caja y un bombo pero puedes probar a grabarlos todos por un mismo canal y luego los ambientes por los dos canales restantes.
Teniendolo todo grabado es donde viene el curro de verdad, en la pista que tienes con bombo y caja pos deberías cortar todas las cajas y pasarlas a otra pista que esté justo debajo y ver que no la mueves ni un milisegundo (esto al arrastrar te saldrá un numerín que será la ubicación y luego otro número que puede ser +/- algo o cero, en tu caso para que te quede igual debe ser un cero), luego los timbales o bien haces el mismo proceso que puede ser verdaderamente complicado ya que la cola de uno se te puede meter en el ataque del siguiente y pueden mezclarse los sonidos de uno con otro en este caso es complejo, pero si vuestro baterista utiliza los timbales de forma moderada pues quizá puedas recortarlos situarlos en pistas independientes (como en el caso de la caja) y tratarlos por separado tanto en eq, compresión, paneo etc etc. Y para finalizar los ambientes en dos canales diferentes.
Como bien decía al principio quizá no sea la mejor forma ya que es bastante trabajo de chinos, prueba, prueba y haz más pruebas, yo la primera "maqueta" que grabé lo hice todo a la vez y la batería con solo un micrófono Behringer XM 8500 y a un grabador de cinta normal y corriente de un equipo Hi-Fi y tampoco quedó tan mal oye...
Enga, prueba mucho y mucha suerte.
Saludos!!!!