No trabajo con Cubase, pero imagino que es parecido al Sonar. Si tienes en diferentes pistas la parte de la mano derecha y la de la mano izquierda, seguro que hay una manera de obtener sólo la partitura de una pista concreta (p.e. a las malas, copiar sólo esa pista en un nuevo proyecto y pasarlo a partitura). Si lo tienes todo junto tiene que haber una función que te separe las notas en varias pistas según un "punto de corte" (p.e. una nota concreta); en Sonar la función se llama "Split notes to track" o algo así; a partir de ahí ya lo tienes en pistas diferentes y puedes aplicar lo dicho al principio.
Vamos a ver, creo que en principio te hace falta un editor de partituras, (yo utilizo guitar pro 5.0) y una vez abierto importas la pista midi. Por supuesto, te aparecerá todo mezclado en un mismo pentagrama, pero no es muy dificil separarlo manualmente si aprendes a manejar guitar pro.