No uses salida de linea para grabar guitarras; a no ser que estés buscando ese sonido expresamente.
Las guitarras pasadas por un ampli tienen unos armónico deliciosos, que te ayudarán posteriormente en la mezcla.
Ponle un micro delante y punto.
En cuanto al zumbido, es habitual de las bobinas simples.
Creo recordar que en la web de Scott Henderson, habla de como lo resuelve él.
Tienes la salida de grabación: "Emulated line output" Si bajas el volumen master del marshall también funciona.
Lo mejor un micrófono delante del altavoz del amplificador, uno como el sm57, por ejemplo.
por cierto no se si lo habrás tenido en cuenta, pero seguramente toques delante del monitor. Esto genera un campo electromagnetico delante de la pantalla, que hará interferencias en la guitarra, prueba a apagarlo y a ver si desaparecen esos ruidos.