Puedes conectar tu cadena de pedales sin problemas, si entra mucha señal y satura puedes activar el atenuador.
También puedes conectar el bajo directamente.
La interfaz lo que hace básicamente es convertir el audio analógico que producen estos aparatos a audio digital que maneja el ordenador.
La mejor manera de registrar el sonido de instrumentos musicales analógicos para mi gusto no es conectándolos directos, ya que el sonido entra demasiado duro, sino microfonear las pantallas de los amplificadores de estos instrumentos, pero actualmente muchos lo hacen directo y usan suites con emuladores de amplificadores, pantallas y micrófonos como el Amplitube, Guitar Rig, etc. para intentar conseguir el sonido grabado con micrófonos.
Pues aunque lo he hecho (conectar guitarras por línea), no soy muy partidario de ello porque en mi opinión suenan como bien plásticas.
Los bajos si suenan mejor.
Pero lo que te recomendaría, es que siempre que podás grabés microfoneando el ampli. A menos que sea demasiado malo.