si tienes el disco duro conectado por usb y tienes muchas otras cosas conectadas a los USB del ordenador es posible que ese sea el problema.
a diferencia del firewire donde cada puerto (en el ordenador, no puenteados entre aparatos) tiene su propio bus de datos y te soporta su maxima velocidad sin importar cuantos dispositivos tengas conectados, el USB comparte un solo bus de datos (dos a lo sumo, dependiendo de la placa base) para todos los puertos, por lo cual si la velocidad maxima de un dispositivo USB 2.0 es de 480Mb/s y tienes 4 dispositivos conectados se repartiria la velocidad entre ellos de manera no equitativa.
de hecho la velocidad maxima real del USB 2.0 es de unos 320Mbits/s y eso estando conectado un unico dispositivo a los puertos USB, si tienes un raton, teclado, pendrive, etc... la velocidad empieza a disminuir.
de igual manera, supongamos que trabajas con una mbox2 pro y tu HDD es firewire, pero solo tienes un puerto en el ordenador asi que decides puentearlo...
malo, a la minima te dara el error de que no tiene velocidad suficiente porque ambos equipos precisan de una gran cantidad de informacion y cuando chupan al ver que no tiene de donde pues te da DAE (protools chupa aunque solo tengas una pista abierta en la sesion...)
saludos y suerte