Es que claro... puedes hacerte un lío rápido. A ver si la cosa puede entenderse:
Un acorde, como ya han dicho anteriormente, es un conjunto mínimo de 3 notas tocadas a la vez (Acorde de tríada), 4 notas (cuatríada), añadiendo tensiones etc...
Entonces... has de saber diferenciar entre, el hecho de tocar un acorde y el que la armonía de un tema esté formada por acordes. Para intentar poner un ejemplo fácil, si coges la escala de Do Mayor (DO RE MI FA SOL LA SI) cada una de las notas (armónicamente hablando) sería un grado de la tonalidad (en este caso DO). Entonces los acordes para hacer un tema en este tono serían los siguentes: Do mayor (C) Re menor (D-) Mi menor (E-) Fa mayor (F) Sol mayor (G) La menor (A) Si menor con quinta disminuida (B-b5)...(Evidentemente luego hay técnicas más avanzadas que no te limitan a sólo éstos) Los he escrito sólo en tríada, evitando las tensiones de séptima.
Pues bien, el tema está en que todo tema tiene una armonía, ésta está formada por acordes, y el kit de la cuestión es que no tienes porqué tocarlos de manera vertical (lo que sería la definición pura de un acorde, tocar las 3 notas a la vez), sinó que un instrumento como la guitarra puede rasgarlo haciendo un riff, puede arpegiarlo; pongo la guitarra porque es un instrumento armónico, pero en el caso de un monofónico, como la flauta del link que te pegó nuestro compañero mikolopez, puede definir estos acordes con arpegios que es lo que hace cuando interpreta los dos primeros movimientos de la partita.
Total, lo que tienes que saber es diferenciar cuando se habla de acorde como interpretación (tocar 3 o más notas a la vez) y acorde como armonía (saber qué está pasando en ese compás o compases)... No sé si me he explicado bien o te he liado aún más, espero que no sea así. Abrazos!!