Hola. Yo tengo un Classic, pero supongo que funcionará igual... El Master sólo te ordena y reproduce lo que hayas configurado en los modos Voices y Performances, por lo que es en éstas donde debes configurar el transporte. Si lo haces en el modo Master en realidad no estás guardando ninguna configuración de transporte en cada programa, pues en este modo no se guardan este tipo de parámetros.
Mi consejo es que tengas siempre el transporte en normal, y que en cada voz o performance asignes el transporte que requieras bajandolos o subiendo una octava o lo que quieras. Así, cuando cambies de programas en el master no te encontrarás con desagradables sorpresas (como me ha pasado más de una vez), de que tocas el teclado y éste suena una octava por debajo de lo que debería.